ひどい院内の政治をしてきた蛭間（ひるま）院長の失脚から1年が経った。

「東帝大学病院」に、“患者第一”を掲げる初の女性院長が誕生し、クリーンな医局を取り戻すべく大改革を進める新時代に突入した。

だが、病院内の権力者達は“旨味”を取り戻すため、絶対的な権力と縦社会で統制された“真っ黒な巨塔”を再建させようと、影で動き始める。

一度落ちた蛭間もまた妙な企みをもち行動する。しかし、その中で、フリーランスの大門未知子は腐れ果てた組織と真っ向から渡り合っていくのである。

新しい政治と権力の争いが繰り広げられる巨塔で、フリーランスの外科医・大門未知子はどんな戦いを繰り広げていくのか…？